已完结偏偏他一心袒护的宗室至亲却不买账，其中对萧衍冲击最大的便是他的六弟临川郡王萧宏和次子豫章王萧综，或许这也是他后来要在佛经中寻求解脱的一大原因。
萧宏是萧衍的异母弟弟，萧衍对其十分庇护，就连窝藏杀人犯也能不获任何惩处反而加官晋爵。谁料，萧宏不但不知恩图报，反而更加肆无忌惮地为所欲为，竟和自己的侄女，也就是萧衍的大女儿乱伦通奸，两人还谋划着要篡夺萧衍的皇位。结果在派人行刺萧衍时，刺客被抓处死，事情败露。萧衍的女儿畏罪自尽，后萧宏病死，从其生病至临死前，萧衍还曾先后7次亲临看望。
萧综是萧衍的次子，其母吴淑媛原本是萧宝卷的妃子，跟了萧衍后，仅7个月就生下了萧综，好事者都怀疑萧综是东昏侯的儿子，但萧衍却对这个来路有些问题的儿子十分宠爱。不过，随着吴淑媛的失宠，萧综同萧衍渐渐疏远。据说，吴淑媛曾向萧综讲述过其身世疑问，因此，萧综便认定自己是东昏侯的儿子。后来，梁和北魏在边境发生冲突，萧衍让萧综领兵，督率各军作战，萧综却投奔了北魏，改名为萧缵，还为东昏侯服丧服3年。萧衍得知大怒，不但撤销了萧综的封号，还把其母吴淑媛贬为庶人。不过，之后当萧衍听说萧综有回转的意思，又让吴淑媛给他送去小时候的衣服，但萧综始终没有回心转意。不久，吴淑媛病逝，萧衍又起了恻隐之心，又下诏恢复萧综的封号，给吴淑媛加了谥号为“敬”。
萧衍对家庭成员的宽容乃至纵容没能换来他想要的天伦之乐与温馨和谐，却导致了一再的背叛。后来，萧衍也慢慢看开，只不过看得又太开了。他沉浸在佛学中不能自拔，但又没能深入至境，只是做着成本巨大的表面文章。他大力倡导佛教，耗费巨资修建庙宇，当时全国有大小寺庙2846所，其中以大爱敬寺、智度寺、解脱寺、同泰寺规模最大。唐朝诗人杜牧曾感叹：“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。”
他还创立了儒、佛、道三教同源的理论，认为儒教、道教皆来源于佛教。他还提出佛教徒不可以吃肉的戒律，以前佛教中无此规定，他根据《涅经》等上乘佛教的内容写了《断酒肉文》，从此，以身作则，过着苦行僧的日子。
他还曾三次出家为僧：大通元年（527年），他突然跑到同泰寺当住持和尚，与众僧一起生活，可是国不可一日无主，群臣只好天天去寺里恳求武帝回宫。梁武帝开头怎么也不肯答应，直到群臣用一亿钱的代价向同泰寺奉赎，梁武帝才勉强回宫；两年后，又跑到同泰寺去了，大臣们只好“旧事重做”——集资一亿钱，替武帝赎了身；太清元年（547年），84岁的他第三次舍身同泰寺，且坚持待了一个多月，三次“赎回”武帝耗费四亿钱之多。然而，就是在这位“菩萨皇帝”在位的朝代，刑法苛刻却也十分出名，南梁每年都会有大量的人被处斩，萧衍只是闭目默念“阿弥陀佛”。
