为防止国民党军队撤往南京西南边的山区，日军从上海出动了两个精锐师团与另外一支部队在南京东南重镇汤山连接起来，形成了三面对南京围攻收缩之势。同时抽调近万名官兵在湖熟、禄口至宁芜公路小丹阳段布下封锁线、火力网；又在汤山至土桥、淳化镇至双桥门一线实行严密封锁，出动数百辆坦克、装甲车沿公路布防，骑兵、步兵来回巡逻——而青龙山恰好被围在这两道封锁线内。
1939年，国民政府也注意到这一咄咄怪事，但未能查清真相。
抗战胜利后，国民党军政部、军令部都派出专人对此失踪事件作专项调查，但仍未能查明真相，最终也就不了了之，列为悬案。
大多数人都认为这个川军团进入某个溶洞缺氧被困而亡。他们认为这些官兵可能躲进某处鲜为人知的巨大溶洞，后因敌机轰炸震塌洞口，致使全体人员窒息而死。青龙山地区有很多溶洞，至今尚有很多溶洞未被发现，还有很多溶洞当地政府准备开发旅游。20世纪70年代初，青龙山区的南京矿校学生和驻军建矿井、采煤，无意中发现几个洞穴里有几顶锈烂的军用钢盔、朽坏的步枪和几具骸骨，经逐级上报，领导苏南煤田开采工作的南京军区周副参谋长，特陪同来青龙山矿区视察的军区司令员许世友前往察看。一时，众说纷纭，莫衷一是。
84岁的刘宜槐老人回首往事，感慨万千：“可怜啊，那么多人死在地下！”
老人说，大概是1941年或1942年，“当时，我给汪精卫做警卫员。一次偶然机会，听军官向汪精卫报告，说中华门下面发现一条地道，里面有许多尸骨。汪精卫立即责令调查。几天后，有情况报上来，称这条地道通往紫金山下，又从紫金山通往东南方向。死尸大多集中在中华门到紫金山段，估计有好几千人。从旁边留下的枪支弹药和一些衣物看，判断死者为南京大屠杀期间的国民党士兵，死因为中毒，毒源来自日本鬼子。”
听完报告后，汪精卫还亲自率人去现场看过。地道是在中华门外的一个步兵学校发现的，入口很大，可以容两三人同时进入。汪精卫命令部队立即用卡车运土将地道填埋。“填埋我没有看到。听别的士兵说，地道很长，几十辆卡车运了三四天土也没有填埋完。”老人说。
南京炮兵学院费仲兴教授退休后，常住在离青龙山较近的汤山镇，进行南京大屠杀幸存者调查。
“我早就听说过军队失踪青龙山一事，起初根本不信。但通过这几年对南京大屠杀幸存者的调查，让我觉得此事有一定的可信度。”3年来，费仲兴教授共调查走访了八九十岁以上的老人350多名，其中大多数住在青龙山附近。费仲兴教授拿出调查来的史料分析说，“真实的情况可能是这样的：部队从紫金山向东突围，一直打到青龙山以东，没有弹药了，当官的开枪自杀，当兵的自行解散，各奔东西。”
